關于消毒劑的作用機理，有的尚未明確，但一般消毒劑對微生物作用的機理有如下6種：

1.消毒劑與微生物細胞漿的蛋白質(zhì)結合，阻礙細胞的功能，如氰氧化銀、升汞。

2.由于酸化而引起微生物細胞阻礙，如過氧化氫、過錳酸鉀、漂白粉、尿素、 聚烯吡酮碘。

500ml消毒劑瓶

3.使細菌及原蟲細胞成分水解而引起細胞機能阻礙，如強酸、強堿等。

4.透過微生物細胞膜溶解細胞漿，如甲醇、乙醇、乙醚等。

5.使微生物蛋白凝固或變性使細胞機能障礙，如石炭酸、甲酚、戊二醛、甲醛、異丙醇等。

6.破壞微生物的酶系統(tǒng)，如硼酸、肥皂、色素系統(tǒng)藥物、洗必泰等

以上是各類消毒劑對生活的需氧和厭氧細菌或其他微生物殺菌消毒作用的原理，而對芽胞菌的作用尚不明了，而消毒劑對病毒的作用多為蛋白凝固或變性而引起。